Nació en la ciudad de Veracruz, el 9 de septiembre de 1731, hijo de don Blas Clavijero, literato español que fue, además, nombrado por el gobierno español alcalde mayor de los pueblos en la Mixteca, y de doña Francisca Echeagaray. De su padre obtuvo los primeros conocimientos en: religión, ciencias, geografía, historia y cosmografía. Estudió latín y literatura en el Colegio de San Gerónimo, y filosofía y teología en el de San Ignacio, ambos de Puebla. También en su infancia y adolescencia aprendió el griego y el hebreo, además de varias lenguas indígenas: el mexicano, el otomí, el mixteco y otras. En febrero de 1748, con apenas 17 años de edad, ingresó al noviciado de los jesuitas en Tepotzotlán.
Al alcanzar los 20 años de edad ya era políglota y dominaba la filosofía aristotélica y escolástica; no sólo eso, sino que desarrolló un gran gusto por la música y el arte.
Tres años después ya estaba en el colegio de la compañía en Puebla; muy pronto se convirtió en uno de los grandes catedráticos jesuitas, por lo que fue profesor en varios colegios, como los de Valladolid y Guadalajara. Desde su cátedra expuso una filosofía racional y moderna, además de atacar la filosofía peripatética. En las innovaciones filosóficas tenía conocimientos en los campos de las ciencias físicas, exactas y naturales. Igualmente, su ya de por sí amplia cultura se enriqueció con su interés por la historia patria; tomó gran aprecio a las culturas prehispánicas al revisar los textos originales de Carlos de Sigüenza y Góngora, así como varios códices precolombinos, que lo llevaron a pensar que la herencia de los pueblos indígenas era tan importante como la de la España del Siglo de Oro.
En junio de 1767, debido a causas políticas Carlos III decretó la expulsión de la Compañía de Jesús de los territorios hispánicos, como la Nueva España. Por esto Clavijero partió hacia Italia en octubre, en donde vivió en Ferrara y Bolonia.
En Bolonia fundó una academia literaria que llegó a ser llamada “Casa de la Sabiduría”. Fue en ese lugar donde se dio a la tarea de escribir la “Historia Antigua de México (Storia antica del Messico)”, esta obra historiográfica le daría fama universal y en ella puso en relieve el valor de la cultura prehispánica, a la que prácticamente colocó a la altura de las antiguas culturas occidentales: “El estado de cultura en que los españoles hallaron a los mexicanos excede, en gran manera, al de los mismos españoles cuando fueron conocidos por los griegos, los romanos, los galos, los germanos y los bretones.” En su obra justificaba los sacrificios humanos y la antropofagia porque “no ha habido nación alguna del mundo que no haya sacrificado algunas veces víctimas al dios que adoraba” y porque siendo su religión “más bárbara que las de los romanos, egipcios y otras naciones cultas...fue menos supersticiosa, menos ridícula y menos indecente.”
La Historia la dedicó el 13 de junio de 1780 a la Universidad de México. Al no poder imprimirla en español, tuvo que publicarla únicamente en italiano. De hecho, en México sería publicada la traducción de la obra hasta después de la independencia, en 1852, y ha llegado a ser considerada como un pilar del entonces naciente nacionalismo mexicano.
Obra historiográfica monumental, en ella se hace de manera minuciosa desde la descripción física del Anáhuac hasta las costumbres y la cultura, la política y la economía de los antiguos mexicanos.
Francisco Javier Clavijero murió en Bolonia el 2 de abril de 1787. Sólo hasta 1970 sus restos fueron traídos a la ciudad de México, en donde fueron colocados en la Rotonda de los Hombres Ilustres en el panteón civil de Dolores.
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