Fue historiador y jesuita mexicano, descendiente de españoles, su padre era funcionario de la nueva España, y estaba al servicio del gobierno peninsular. Comenzó sus estudios en Puebla, previo a su ingreso a la Compañía de Jesús. A partir de la expulsión de los jesuitas, debió viajar a Veracruz y luego tomar rumbo a Italia, en 1767. No obstante se quedó en La Habana, afectado por una enfermedad.
En el exilio, su obsesión con el recuerdo de la patria, lo impulsó a escribir Historia Antigua de México; sin recursos, utilizó documentos reunidos por Sigüenza y Góngora.
Se puede destacar la publicación de su Historia de la Antigua o Baja California, la cual se publicó después de su muerte, en 1852. Francisco Javier Clavijero es el primer historiador mexicano de importancia histórica.
La vida de Francisco Javier Clavijero, dejó los primeros registros históricos importantes de esa época. La cultura mexicana se origina en una especie de mestizaje cultural que se basa en el reconocimiento de la grandeza indígena, y el reconocimiento de la herencia cristiana. Este es el concepto más importante de la generación de jesuitas, y Clavijero es el personaje más representativo.
Clavijero, escribió dos obras fundamentales: La Historia Antigua De México y La Historia De California. En la primera realizó una síntesis del pasado prehispánico de México, en relación al pueblo azteca. En un debate con los científicos europeos, fundamenta la imagen que va hacer canónica en la cultura europea de entonces. Es una obra de las poblaciones indígenas despreciadas por los científicos europeos, como que eran, según ellos, de muy bajo nivel humano. Lo que Clavijero hizo fue construir una imagen prestigiosa del pasado indígena, reivindicar el fundamento de las lenguas y las culturas indígenas.
Un aporte esencial de Clavijero es no separar a los indígenas vivos de los indígenas muertos. Es decir los mexicanos del siglo XIX, admiraban a los toltecas o a los teotihuacanos, pero despreciaban a los indígenas vivos, que caminaban por las ciudades.
Al reivindicar la grandeza de las poblaciones extintas, comienza a reconocerse la dolorosa condición en que se encuentran los nativos por efecto de la miseria. Cuando los científicos mexicanos comienzan a conocer la obra de clavijero, el sentido de patriotismo, comienza a fundamentarse. Murió en Bolonia Italia, en 1787.
